L’Eglise Protestante Evangélique Baptiste est installée dans l'agglomération Nantaise depuis bientôt 40 ans. En 1968, le pasteur Daniel Merckx de la «Baptist Mission» initie une œuvre missionnaire à Nantes et permet en 1975 l’implantation, par le pasteur Jean-Marc Ausset, d'une petite église dans un local de Saint Sébastien-sur-Loire.
L’assemblée grandit peu à peu et se déplace, quatre ans plus tard, à quelques kilomètres, au 2 rue de Kiriol, à Nantes. Des équipes appartenant au mouvement « Opération Mobilisation » apportent leur énergie et leur bonne humeur pour effectuer les premiers travaux de rénovation et d’aménagement de la petite maison nouvellement acquise.
En 1984, le pasteur Colin Howells succède à Jean-Marc Ausset. Etudes bibliques, conférences, campagnes d’évangélisation se succèdent et l'église grandit grâce à l'arrivée de plusieurs familles.
Dix ans plus tard, les locaux devenant trop étroits pour accueillir l’assemblée, l’église se déplace à nouveau, tout près de son premier lieu d’implantation, au 177 route de Clisson, à Saint-Sébastien-sur-Loire.
Tous les membres se mobilisent pour transformer en lieu de culte l'ancien magasin de cycles devenu ensuite pizzéria.
John McKee étaient le pasteur de l'église entre 2006 et 2018, succédant ainsi à Richard Rajaoba qui avait pris ses fonctions en 1997. Plusieurs familles rejoignent l’assemblée et de nouvelles activités s’organisent. Un projet de rénovation et d’agrandissement des locaux voit le jour. Les travaux débutent en septembre 2009 et s'achèvent en 2011.
Aujourd’hui, l’église dispose d’une salle de culte et de plusieurs petites salles annexes, utilisées pour le culte des enfants du dimanche matin ainsi que pour d’autres réunions en semaine, en relation avec l'église (réunions de prières...). L'église dispose également d’un bureau dans lequel le pasteur reçoit les personnes qui le souhaitent.